A décima-terceira temporada da série Malhação ou a temporada de 2006 de Malhação foi exibida no período de 16 de janeiro de 2006 à 12 de janeiro de 2007, tendo como tema Famílias modernas, de Paula Amaral e Izabel de Oliveira, com colaboração de Flávia Lins e Silva e direção de Leonardo Nogueira. Nesta temporada, o esporte abordado foi o skate.
A 13ª temporada de Malhação é embalada por muitos vôos, flips e tombos fenomenais. Nossos heróis, desta vez, vivem o mundo radical do skate. Cauã San Martin (Bernardo Mello Barreto) tem dois sonhos na vida: encontrar seu pai biólogico e ser campeão de skate. É justamente num campeonato que o skatista conhece seu grande amor, Manuela Prado (Luiza Valdetaro). Entre uma bateria e outra, eles acabam ficando juntos e não se desgrudam mais já que são vizinhos de porta! Mas a felicidade dos dois dura pouco. Assim que descobre que sua ex-namorada está com outro, Eduardo Andrade (Gabriel Wainer) mexe seus pauzinhos. Ele faz de tudo para detonar Cauã, que, mais tarde, ele descobre ser seu irmão. O destino joga pesado com esses dois. Eduardo descobre que tem leucemia e precisa de um doador de medula e a única pessoa compatível é Cauã. É também neste ano que os Largados, grupo de skatistas formado por Cauã, Eduardo, Cleiton (Fabrício Santiago) e Wellington (Gian Bernini), fazem manobras espetaculares no Casarão, quando não estão assistindo às aulas no Colégio Múltipla Escolha. O restaurante Gigabyte continuou sendo comandado por Dona Vilma (Bia Montez), que ao longo do ano achou uma maneira de ganhar muito dinheiro: o Gigaboy Roger (Marcos Pitombo), que faz o maior sucesso com a mulherada. Por falar nelas, não se pode esquecer da rainha dos não-me-toques, a mega-patricinha Priscila Bittencourt (Monique Alfradique), que vai fazer de tudo pra tirar Manuela dos braços de Cauã, por quem é apaixonada.
A partir de abril de 2006, Malhação ganhou nova abertura, logotipo e trilha sonora.
A cidade cenográfica ganha o Casarão, com direito a pista de skate e piscina, que os Largados (Cauã, Eduardo, Mulambo e Cleiton) transformaram em um bowl.
O possante comprado pelo Cabeção num ferro velho resistiu quatro temporadas.
Saída de alguns personagens marcantes: Kiko (4 temporadas), Bel (3 temporadas), Beth (3 temporadas), Download (2 temporadas), Amanda (2 temporadas), Jaque (2 temporadas), Urubu (2 temporadas), Vinícius (5 temporadas), Marcão (2 temporadas), Pedro (2 temporadas), Lúcia (2 temporadas e meia) e o casal protagonista Manuela e Cauã.
